Der Ort Buggingen wurde erstmals im Jahr 778 urkundlich erwähnt. Die Ortsteile Buggingen, Seefelden und Betberg haben bis zu ihrem Zusammenschluss 1974 eine eigene geschichtliche Entwicklung erlebt, die weit in die Alemannenzeit zurückreicht. Schon die Kelten besiedelten das heutige Markgräflerland, bis die Römer das Gebiet im Jahre 70 unterwarfen. Um 230 eroberten die Alemannen das Gebiet, ab 455 auch Teile der linksrheinischen römischen Provinz Gallien. Gleichzeitig expandierten die Franken in Richtung Süden. Von 496 bis 507 führten die Alemannen und die Franken Krieg. Alemannische Gebiete fielen an das Frankenreich der Merowinger. 1973 wurde im Gewann „Weckersgraben“ in Buggingen ein Gräberfeld aus der Merowingerzeit entdeckt. Um 775 beschenkten fränkische Adlige Klöster mit Grundbesitz aus der Region. 778 wurde Buggingen an das Kloster Lorsch übertragen, 789 folgten Betberg und 819 Seefelden. Von 900 bis 955 verwüsteten Ungarn den Landstrich. Kaiser Otto I. konfiszierte die Gebiete und vermachte sie 962 Bischof Konrad aus Konstanz. Nach dessen Tod übernahmen 975 die Dompröpste seine Gebiete. In der Folge fiel Buggingen an das Kloster St. Cyriak in Sulzburg und schließlich an den Bischof von Basel.

Im 11. Jahrhundert eroberten die Herzöge von Zähringen weite Gebiete, auch Buggingen und Seefelden. Vögte der Herren von Zähringen, die auf der Burg in Badenweiler residierten, verwalteten die Gebiete. Die Herrschaft Badenweiler ging 1147 als Mitgift an Heinrich den Löwen, der von Kaiser Friedrich I. Barbarossa gezwungen wurde, sie 1157 gegen Besitzungen im Harz zu tauschen. Sie fiel in die Hände der Hohenstaufer. Im 13. Jahrhundert kamen die Gebiete an die Grafen von Freiburg, schließlich an die Grafen von Strassberg, nahe dem heutigen Neuenburg in der Schweiz. 1363 übernahmen die Grafen von Fürstenberg bei Donaueschingen die Herrschaft. Schon bald wechselten die Gebiete wieder an die Grafen von Freiburg zurück.1444 entstand durch den Zusammenschluss der Herrschaften Rötteln und Badenweiler sowie der Landgrafschaft Sausenburg das Markgräflerland. 1556 wurde das Markgräflerland reformiert. In den folgenden Jahrzehnten setzten der Dreißigjährige Krieg, der Holländische Krieg, der Pfälzische Krieg, der Spanische Erbfolgekrieg sowie der Polnische und der Österreichische Erbfolgekrieg der Bevölkerung im Markgräflerland sehr zu.

Von 1746 an wurden Buggingen und Seefelden als Teil der Markgrafschaft Baden-Durlach durch Markgraf Karl-Friedrich von Karlsruhe aus regiert. Er schaffte 1783 in seinem Gebiet die Leibeigenschaft ab und förderte den Weinbau. In den Franzosenkriegen von 1791 bis 1815 eroberte Napoléon I. die rechtsrheinischen Gebiete. Das Markgräflerland wird 1806 Teil des neu gegründeten Großherzogtums Baden. Es folgten der Deutsch-Französische Krieg, der Erste Weltkrieg und der Zweite Weltkrieg, in dessen Folge die französischen Truppen Buggingen und Seefelden einnahmen. 1949 wurde schließlich die Bundesrepublik Deutschland gegründet.